1、易于引起堵塞：灌水器的堵塞是當前滴灌應用中最主要的問題，嚴重時會使整個系統(tǒng)無法正常工作，甚至報廢。引起堵塞的原因可以是物理因素、生物因素或化學因素。如水中的泥沙、有機物質(zhì)或是微生物以及化學沉凝物等。因此，滴灌對水質(zhì)要求較嚴，一般均應經(jīng)過過濾，必要時還需經(jīng)過沉淀和化學處理。
　　2、可能引起鹽分積累：當在含鹽量高的土壤上進行滴灌或是利用咸水滴灌時，鹽分會積累在濕潤區(qū)的邊緣，若遇到小雨，這些鹽分可能會被沖到作物根區(qū)而引起鹽害，這時應繼續(xù)進行滴灌。在沒有充分沖洗條件的地方或是秋季無充足降雨的地方，則不要在高含鹽量的土壤上進行滴灌或利用咸水滴灌。
　　3、可能限制根系的發(fā)展：由于滴灌只濕潤部分土壤，加之作物的根系有向水性，這樣就會引起作物根系集中向濕潤區(qū)生長。